本当に馬鹿みたいな一発アイデアです、というのも恥ずかしいくらい。
ピンセットで菌根を扱う場合は、実態顕微鏡下での作業になります。たいていはガラスシャーレに菌根サンプルを入れて水中でほぐしたり何なりします。水にポリアクリルアミドか何かの水溶性高分子をほんのわずか入れて粘性を高めるとやりやすいような気がしますが、気のせいかもしれません。
その作業時に、実体顕微鏡のステージにスケール入り台紙をプリントアウトしたものを敷きます。
この台紙には、黒バックに1mm間隔で幅0.05mmの白線が格子状に引いてあります。それだけです。プリントアウトにはレーザープリンターをおすすめしますがその辺は工夫次第で。これを使って撮った写真にはたぶんスケールバーを入れる必要がありませんし、「ピントが合っていないから別途スケールバーを入れる」という場合も簡単です。なんなら格子線にピントを合わせて１枚撮れば。