顕微鏡にデジカメを取り付けて使う場合、マニュアルには「遠景モード(無限遠に固定)にしてピントは顕微鏡側で合わせる」などと書いてあったりします。少なくとも、超絶馬鹿高いことで知られたNikon CoolPix Microsystemではそうでした。が、実体顕微鏡に取り付けた場合、コンシューマー向けデジカメの液晶モニターでしっかりピントを合わせるなんて、少なくとも私にはできません。ビデオ出力を外部モニターに出してもNTSCでは解像度不足。多少ピントを動かしてもあんまり像が変わらず、ピントの「山」がつかめないのです。なので、オートフォーカスを使ってしまいます。観察系である程度ピントを合わせたら、微調整はカメラ任せです。
実際にやってみると、撮影装置の都合で観察系と撮影系とでピント位置が違うなんてこともありました。また、ちゃんと同焦点でも、私のように眼鏡をかけている人はその状態で最初のピント合わせをしないと、撮影系に回したときにカメラに調整しきれないほどピントがずれていることがあります。確実な方法としては、遠景モードで液晶モニターを見ながら大まかにピントを合わせ、多分少し後ピン(近寄せ過ぎ)というところにしてオートフォーカスに任せるといいでしょう。遠景モードで前ピンでは「無限遠より遠い」ということになってしまいます。いずれにしろ、実体顕微鏡できれいな写真を撮るのはかなり困難です。お手軽に撮るならそれなりの仕上がりにしかなりません。
もう少し大事な写真では、遠景モードにしてフォーカスブラケティング撮影を行うという手も使えます。わずかずつピントをずらしながらたくさん撮って、一番マシなものを採用する、という手法です。少し余分に手間をかけることができるならこれの方がいいでしょう。やりようによっては後述のフォーカス合成をかけることもできます。
本当に大事な写真では気合いの入った撮り方をする必要があります。フィルムカメラ用撮影装置にフィルムボックスの代わりに F3 を取り付けて、ボディ内蔵の露出計を活かしてファインダースクリーンは十字線マット型、高倍率ファインダーを組み合わせる…なんていうのはちょっとアレ？っていうかもはやロストテクノロジーですね。今だったらデジタル一眼レフを取り付ける、じゃなくて専用のデジタル撮影装置付けますかね、お金があれば。
ちなみにアレゲな本気撮影法で実体顕微鏡写真を撮るときは、ファインダースクリーンには十字線透過型より十字線マットまたは全面マットの方が、被写界深度がつかみやすいため適しています。十字線透過型が有効なのはもっと高倍率で切片の像を撮るときなど。